Наряду с Павлом Ивановичем Якобием, Владимир Иванович Яковенко является основоположником отечественной социальной психиатрии, принципиальные положения которой оба начали воплощать в один и тот же период (1891-1900) при планировании (Якобий) и строительстве земской (по свидетельству Ю.В.Каннабиха) «лучшей русской психиатрической больницы» в селе Покровское – Мещерское Подольского уезда в 70 км от Москвы (ныне Московская областная психиатрическая больница № 2 им. В.И.Яковенко). Владимир Иванович 13 лет возглавлял эту больницу, пока не был уволен в 1906 году на политическую деятельность и выслан на хутор Бутова Гора Полтавской губернии, где жил и работал до 1923 года. Принимая активное участие в ликвидации эпидемии сыпного тифа на Полтавщине (1922-1923) В.И. заразился и умер.
До этого, после окончания Медико-хирургической академии в Санкт-Петербурге (1881) три года работал земским участковым врачом в Кременчугском и Миргородском уездах, пять лет ординатором Бурашевской психиатрической колонии, главный врач которой Н.П.Литвинов создал школу главных врачей. Здесь он написал работу «Индуцированное помешательство как один из видов патологического подражания» (1887). «После кратковременной работы в Голечинской психиатрической колонии Рязанской губернии и в петербургской Пантелеймоновской больнице, он в течение трех лет (1891-1893) заведовал Смоленской психиатрической больницей. Здесь впервые в большом масштабе проявился крупный организаторский талант Яковенко. В этой больнице царили совершенно невероятные нравы: смирительные рубашки и даже связывание веревками были в полном ходу, больные жили в грязи, при отсутствии всякого присмотра и ухода (однажды даже буйный больной, запертый в изолятор вместе со слабым, который вскоре умер, съел некоторые части тела последнего. Это вызвало громкий скандал, в результате которого и был приглашен Яковенко. За время своей двухлетней работы в Смоленске он преобразовал, вернее заново создал больницу. После этого Московское земство поручило ему устройство в Подольском уезде, в селе Мещерском, того грандиозного учреждения, которое в настоящее время называется больницей имени Яковенко.
Кроме создания лучшей психиатрической больницы, В.И.Яковенко принадлежит заслуга организации первой у нас психиатрической переписи, которая сперва ограничивалась пределами Московской губернии, но впоследствии послужила образцом для такого же дела и в других местностях; благодаря этому впервые в России была установлена точная статистика душевной заболеваемости. Классический труд Яковенко – «Душевно-больные Московской губернии», бывший результатом семилетней научной работы, является ценным вкладом в науку, не только в русскую, но и международную.
Яковенко был одним из первых русских общественников-психиатров, которые выдвинули вопрос о децентрализации психиатрической помощи, т.е. об ее общедоступности; он выступил с проектом устройства сети уездных психиатрических больниц, сравнительно небольших по размерам, тесно вдвинутых в самую гущу повседневной жизни – проект, который, надо думать, получит осуществление только в будущем.
Яковенко был одним из активнейших участников и организаторов целого ряда съездов врачей, имевших в то время такое исключительное общественное значение. Он был деятельным членом Общества невропатологов и психиатров и одним из редакторов Корсаковского журнала.
Яковенко был большим научным работником; он оставил после себя до сорока научных трудов, отчетов, рецензий и проч. Только огромный интерес к социальной медицине вообще и к практической работе на живом поприще общественной психиатрии оторвал его от специально-научной (академической) деятельности, о которой он одно время думал после своего заграничного путешествия и занятий в Париже, Берлине и Лейпциге (у Шарко, Вундта и Мунка). Как человек, Яковенко отличался совершенно исключительными умственными и нравственными качествами» (Ю.В.Каннабих «История психиатрии», 1929).